1、生长环境不同：牡蛎的生活环境一般就是海边的礁石或者其它硬物上，生蚝生活中在江河大海的交汇处，附在不超过10米深的海水礁石上。
2、大小不同：牡蛎的个头比较小，上面的肉也比较小，而且必须要用小锄才能挖开取肉。而生蚝的个头比较大，蒸熟以后可以直接把外壳剥掉。
3、外观不同：牡蛎的外壳表面褶皱明显，颜色偏黑，里面的肉呈淡青色。生蚝外壳表面的褶皱不明显，外壳的颜色是黑白分布均匀，里面的肉基本都是白色的。
牡蛎和生蚝的口感相比较来说，生蚝的肉质饱满肥嫩，不管是清蒸还是煎炒，口感都十分鲜嫩，吃起来香浓可口。而牡蛎肉的个头比较小，烹饪出来口感虽然也是十分不错的，但是相对于生蚝肉来说，它相对差一点，因为生蚝个头大，所含的鲜味物质也比较丰富，所以烹饪出来的口感较好。
生蚝的营养比牡蛎高，根据测定结果显示，生蚝中的蛋白质含量比牡蛎高出许多，生蚝肉中含有的蛋白质高达45%-52%，而牡蛎只有5%。另外，生蚝所含的锌含量也比牡蛎高很多，同等重量下，生蚝是牡蛎的7到8倍。生蚝中所含的微量元素和维生素等营养物质都比牡蛎要高出很多。总的来说，生蚝的营养比牡蛎高很多。
