1、双目体视显微镜在生物、医学领域广泛用于切片操作和显微外科手术。在工业中用于微小零件和集成电路的观测、装配、检查等工作。
2、金相显微镜专门用于观察金属和矿物等不透明物体金相组织。这些不透明物体无法在普通的透射光显微镜中观察，故金相和普通显微镜的主要差别在于前者以反射光，而后者以透射光照明。
3、紫外荧光显微镜用于生物和医学领域。某些标本在可见光中觉察不到结构细节，但经过染色处理，以紫外光照射时可因荧光作用而发射可见光，形成可见的图像。这类显微镜常用于生物学和医学中。
4、扫描显微镜适用于高分辨率场合。在扫描显微镜中依靠缩小视场来保证物镜达到最高的分辨率，同时用光学或机械扫描的方法，使成像光束相对于物面在较大视场范围内进行扫描。这类显微镜适用于需要高分辨率的大视场图像的观测。粗准焦螺旋：大范围上下调动镜筒。
5、电视显微镜可以与计算机联用，这便于实现检测和信息处理的自动化，多应用于需要进行大量繁琐检测工作的场合。
6、电荷耦合器显微镜也可以与计算机联用，这便于实现检测和信息处理的自动化，多应用于需要进行大量繁琐检测工作的场合。
