1、指代不同
农业用地：直接或间接为农业生产所利用的土地。
耕地：是指种植农作物的土地。
2、内容不同
农业用地：包括耕地、园地、林地、牧草地、养捕水面、农田水利设施用地，以及田间道路和其他一切农业生产性建筑物占用的土地等。
耕地：包括熟地，新开发、复垦、整理地，休闲地（含轮歇地、轮作地）；以种植农作物（含蔬菜）为主，间有零星果树，桑树或其他树木的土地；平均每年能保证收获一季的已垦滩地和海涂。耕地中包括南方宽度小于1.0m、北方宽度小于2.0m固定的沟、渠、路和地坎（埂）；二级分类为水田、水浇地、旱地。
3、管理方式不同
农业用地：兴建农业设施的，经营者应拟定设施建设方案，并与当地农村集体经济组织签订用地协议。涉及土地承包经营权流转的，应先行依法签订土地流转合同。兴建农业设施占用农用地的，不需办理农用地转用审批手续。生产设施占用耕地的，生产结束后由经营者负责复耕，不计入耕地减少考核；附属设施占用耕地的，由经营者按照“占一补一”要求负责补充占用的耕地。
耕地：实行占用耕地补偿制度。非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地。没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。
