区别之一：原料不同
从原料上看，六堡茶的原料来自于广西大叶种及苍梧群种，这里的环境清幽，而且环境独特，能够吸收充足的阳光和水分，令六堡茶内含物质与别的茶叶有很大的区别，因此六堡茶成份更加多样化。而普洱茶是以云南大叶晒青毛茶为主要原料制作而成的，其原料按照栽培方式分为野生型野生茶、栽培型野生茶、野放茶、台地茶等。用云南大叶种加工六堡茶，有浓度没有爽度。故而，用其它品种制作六堡茶达不到效果。
区别之二：工艺不同
虽然同属黑茶，但就两种茶叶的制作工艺上来看，有许多不同的地方。六堡茶的制茶工艺分为杀青、揉捻、渥堆、复揉、干燥。而其工艺特色就在于“双蒸双压”技术，即在渥堆发酵之后进行第一次的“蒸”，在“蒸”结束之后进行第一次的“压”，焗压结束后将茶叶打散，再次进行二次的“蒸”，第二次“蒸”结束后，部分茶将压入特制的方底圆身形竹篓中，进仓自然凉干，然后进行陈化，随品质而定制成成品。另一部分的茶将进行第二次的“压”，焗压结束后，才进入陈化工序。
关于普洱茶的制茶工艺，包括了杀青、揉捻、晒干、渥堆、晾干、最终干燥这几个环节。其中，渥堆的方法两者也有不同。六堡茶是在制作过程中进行渥堆，普洱熟茶是在生茶的基础上再进行渥堆发酵的。
区别之三：外形和内质不同
就外形来看，六堡茶条索粗壮，色泽黑褐光润，间有金花，汤色红浓，体现出六堡茶汤色特有的“中国红”。香气醇陈、醇厚，其独特槟榔香更是让六堡茶名列中国名茶。滋味浓醇爽口，甘醇爽滑，清凉甘甜，叶底红褐色，因此，六堡茶以“红、浓、陈、醇”四绝著称。而普洱茶外形条索肥嫩、紧结，色泽黑褐或褐红。汤色红浓明亮，深红色为正常，香气陈醇，滋味醇和、爽滑、回甜。叶底柔软、肥嫩、红褐有光泽。
区别之四：功效不同
六堡茶有祛湿解闷、清凉去暑的作用，特别是在炎热闷湿的夏天，饮用六堡茶会顿感凉爽舒畅。六堡茶除含有人体必需的多种氨基酸、维生素和微量元素外，所含脂肪分解酵素高于其它茶类，故六堡茶具有更强的分解油腻、降低人体类脂肪化合物、胆固醇、三酸甘油酯的功效，长期饮用可以健胃养神、减肥健身。普洱茶滋味浓厚，茶香明显，有很好的解腻、助消化等功效。
