1、阻隔微生物：很多感染性的有害微生物都具有传染性，一旦外包装容器内的水果开始被腐烂感染，会很快传染到相邻的其他新鲜水果。而保鲜包装纸对病原微生物具有较好的阻隔作用，可以防止病原微生物传染。比如在葡萄、水蜜桃等水果保鲜包装上的作用就很明显。
2、保持水分：水果在包装运输过程中严重的水分流失，抑制了其必要的呼吸作用，从而使水果失去一定的营养价值。在保鲜包装纸的表面涂布或内部添加阻水物质，使保鲜包装纸具有阻水性，减少水果水分流失，达到保鲜的效果。这一点在鲜梨保鲜包装上的应用较为成功。
3、化学作用：有的水果在储运中会生病，往往是因为其内部的化学组成发生了变化。为了解决整个问题，可以在保鲜纸里面添加水果所需要的治疗药剂。比如有的苹果背阴面的绿色果皮容易发生变色，进而使果肉变质，俗称虎皮病。虎皮病是因为苹果皮内部积累了过多的有害物质(氧化产物)。可以在保鲜包装纸上喷洒虎皮灵药剂，通过化学的方式将虎皮清除，达到保鲜的效果。
4、防止早熟：乙烯气体对新鲜水果具有明显催熟作用，在内包装用的保鲜包装纸里加入一些吸附乙烯等物质的吸附性活性材料，如凝灰石、石英石、硅石和粘土等，就可以吸附乙烯，减小红外辐射，进而延缓水果的成熟和衰老。比如秋季成熟的容易早熟的红元帅苹果和香蕉在长途运输时的保鲜包装。
5、除菌作用：在保鲜包装纸上涂布可挥发性的杀菌物质或抗氧化物质，或者将保鲜包装纸浸泡在含杀菌型物质或抗氧化物质的溶液里，取出后进行晒干，就可以抑制和杀灭有害微生物。杀菌物质可以是化学和天然氧化剂。杀菌效果还与包装外界的温度，气调情况和细菌浓度有关。有的情况下，把安全卫生的涂布材料直接涂布到水果表皮，也可以起到抗菌作用。
6、气体控制：水果要进行一定的有氧呼吸需要氧气和水分，但是又需要有抑制性气体来延缓其衰老消耗，所以对于各种气体量的控制至关重要，甚至需要达到特定的比率。选择一定种类的保鲜纸或者采取涂布的方式来降低保鲜纸的透气性。水果不断的有氧呼吸会使包装内环境中的氧气浓度降低，二氧化碳浓度升高，进而减小其呼吸强度。
