1、形状不同
玉髓以乳状或钟乳状产出，常呈肾状、钟乳状、葡萄状等，具有蜡质光泽。
玛瑙常呈致密块状而形成各种构造，如乳房状、葡萄状、结核状等，常见的为同心圆构造。颜色不一，视其所含杂质种类及多寡而定，通常呈条带状、同心环状、云雾状或树枝状分布，以白色、灰色、棕色和红棕色为最常见，黑色、蓝色及其他颜色亦有。条痕白色或近白色。蜡状光泽，半透明至透明。贝壳状断口。
2、化学成分不同
玉髓被人们当作宝石，主要用作首饰和工艺美术品的材料。玉髓与人们熟知的玛瑙是同种矿物。有条带状构造的隐晶质石英就是玛瑙，没有条带状构造、颜色均一的隐晶质石英就是玉髓。
玛瑙主要成分为二氧化硅，由于与水化二氧化硅(硅酸)交替而常重复成层。因其夹杂氧化金属，颜色可从极淡色以至暗色。用铁、钴、镍等盐类，任它们自然渗透于硅酸凝胶中，能人工制成"玛瑙"，天然玛瑙可能亦是在相似情形下生成的。
