百家姓的起源，要追溯到远古时代，最早的时候，除了姓之外还有氏，姓和氏代表不同的意义，姓是表示母系血缘，而氏则是表示父系血缘，但是随着历史的发展，大概到了先秦战国时期，姓与氏的之间的区别越来越小，开始逐渐融合，等到秦汉以后，姓与氏已经合二为一的，统一称姓。
历史学家认为，人类文明早期曾是母系社会，这一点也可以在姓中找到佐证，先秦时代的许多姓都是女字旁，比如周王室的“姬”姓，齐王室的“姜”姓，秦王室的“嬴姓”，又比如姚、姒、妫等，甚至姓这个字自己都是女字旁。
在母系社会时代，一个部落的人就是一个姓，有的部落消失了，但也有的部落壮大分散了，既然分散出去了，就要表示区别，但姓不能变，于是就有了氏。等到后来，氏反而成了这些分散出去的新部落的代号。
由于史料不足，我们现在对周代以前的姓氏制度以及无法得知详情了，但是到了周朝，由于有大量文献文字流传至今，因此我们可以很清楚地了解周朝之后的姓氏制度。可以说，到了周朝，姓氏与周礼，与分封制度与宗法制度都有着极为密切的关系。
最早的时候，普通老百姓是没有姓氏的，只有贵族才有，而贵族们在使用姓氏的时候，往往会采取男子称氏，女子称姓的方式，原因就是“氏以别贵贱，姓以明婚姻”，为此，上古曾有同姓不婚的规定，因为同一个姓是来自同一个部落的人。
这一点也影响到了整个汉文化圈，就比如韩国，历史上也一直推行同姓不婚的规定，这一点一直到20世纪90年代才逐渐被废除。
一开始的时候，姓的个数并不多，但随着同姓部落的不断分封扩散，氏就越来越多，比如各诸侯国国君皆以国名为氏，比如齐桓公、晋文公、蔡桓公、秦穆公等等，齐、晋、蔡、秦便是他们的氏。国君以下，卿士大夫等贵族的氏，便有了许多种来源，有的以所住的地方为氏，比如东门南宫，有的以官名为氏比如司马司徒，有的以先祖谥号为氏，比如孔丘，诸如此类，不一而足。
到后来，随着姓和氏的逐渐合流，氏也成了姓，于是姓就越来越多了，到了战国末年，对大多数人而言，姓与氏的含义基本上已经一样了。比如白起其实不姓白，而是姓芈。等到秦始皇统一六国之后，姓氏就彻底合二为一了，流传到今天的百家姓在那个时代基本也就定型了，其后偶尔还会传入一些少数民族的姓，但数目并不多。
