1、所属单位不同：
特种兵：一般由最高军事指挥机关直接指挥和领导，少数国家由国防部或军中将领直接指挥和领导。
武警机动队：由国务院、中央军委统一领导、统一管理与各级公安机关分级指挥相结合。
2、任务不同：
特种兵：执行特殊任务。
武警机动队：承担固定目标执勤和城市武装巡逻任务，保障国家重要目标的安全；处置各种突发事件，维护国家安全与社会稳定；支援国家经济建设和执行抢险救灾任务。
3、兵种不同：
特种兵：在兵种上指执行特殊任务的兵种，例如海军陆战队、空降兵部队、武警特警部队等。在兵员上指组成特种部队的单位人员，例如爆破兵、空降兵、破译兵、狙击手等。
武警机动队：武警机动师是由解放军转过去的部队。
