臭豆腐按照工艺可以分为发酵和非发酵两种。市场（或超市里）的发酵臭豆腐，是在豆腐的基础上发酵而来，而街头上卖的油炸臭豆腐则属于非发酵臭豆腐。
前者的臭味来源于微生物（常采用霉菌或乳酸菌）发酵蛋白质，产生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸）。非发酵臭豆腐的臭味来源于臭卤水。
发酵臭豆腐，因经发酵过程，部分蛋白质被分解成更有利于消化吸收肽、氨基酸。另外发酵过程还会生成维生素B12，维生素B12多存在于动物性食品，在植物性食品中含量甚微，因此素食者常常缺乏，但是发酵豆制品，包括臭豆腐中维生素B12含量较丰富，是素食者补充维生素B12的食物来源之一。
