日本女儿节的由来，可追朔到古代春秋时期开始的中国传统节日—“上巳节”。
上巳节是古代举行“祓除畔浴”活动中最重要的节日。此时期正逢季节更换，古人为了除掉身上的秽气，会在三月的第一个巳日去河边沐浴身体，后来此节日就固定在农历三月三日了。
遣唐使将这一风俗传至日本后，日本人用纸做成人形状，表示自己身体的不适都将转移到人形上，然后放入河中流走。现在日本的一些神社寺庙都还保留着这个习俗，把人形娃娃放入河中漂流，祈求健康、平安。
随着时代的变迁，纸人演化成了布制的人偶，将人偶放入河里流走的古代习俗也变成了将人偶装饰在家中、亲人聚在一起庆祝的方式。
日本的平安时代，宫廷贵族女子之间会在女儿节当天在人偶身上玩穿衣裳的游戏。到了江户时代，这个节日才在庶民之间盛行起来，装饰人偶娃娃也开始流行起来。
当时上流社会的家族为了彰显自家的财力，从一对的娃娃开始慢慢增加至两层、三层.....七层等庞大豪华的娃娃摆饰。因为过于奢侈，江户幕府甚至明令限制过这一行为。
原本“上巳节”的庆祝不分男女，但是因为日本的五月五日是只庆祝男孩的儿童节，所以三月三日就成为了只为女孩庆祝的“女儿节”。
