第一步，打一盆清水（凉水即可），将要清洗的金刚菩提串放到水盆里浸泡几个小时。
第二步，待浸泡几个小时候之后拿出，可以将手串挂起来拉平，用钢丝刷顺着手串的走向，来回多刷几遍，并及时清洗。遇到比较难清理的，可以刷完后再泡上几个小时，然后反复刷几遍。需要注意的是，如果经过几遍的浸泡，刷的时候必须用力匀称而且不能太猛，以防刷坏金刚菩提。
第三步，基本清理干净之后，将手串拆开泡进清水里，这也是一个筛选的过程，可以将颜色黄、形状不饱满的挑出来，有些密度不够、不会很快沉底的也可以筛掉。
第四步，将金刚菩提珠子捞出来擦干。
第五步，待金刚菩提表面干之后，装到密封袋里阴干，不能被风吹到。这期间切忌冬天的时候放到暖气片上或在太阳底下暴晒，否则容易开裂。
第六步，待金刚菩提经过一段时间阴干之后拿出，用硬毛刷将残留的杂物刷出来，如遇难清理的，可以用针剔出。然后，再用硬毛刷多刷几遍即可处理较为干净。
