一般说来，巧克力最好是买了以后立即食用，若要保存，最好放在温度为12~18度的地方，应避开光、水和异味。在这样的条件下，巧克力内的油脂结晶可以保持稳定，产品坚实带有脆性，外表保持光亮的色泽。贮藏时间一般可达到4个星期以上，优质的黑巧克力比牛奶巧克力和白巧克力可存放时间更长一些。工厂生产的巧克力保质期通常在1年左右，而那些手工制成的新鲜巧克力甜品，则最好尽快吃掉。
虽然巧克力不容易腐败，但是当温度到了摄氏20度，里面的可可脂的成分就会融化并且开始分离，再次冷冻就会在表面凝结一片白色的霜状物质，影响风味。所以巧克力一般使用锡箔纸包好，平时放在冷藏室里保存。其次，环境最好保持干燥，最大相对湿度为65%。空气内水汽对巧克力质量的影响很大，特别贮藏时间较长，没有达到密封的巧克力制品很容易出现所谓的霜化现象，甚至吸收水汽后变质。
