一、亚目不同
1、蜥蜴：石龙子亚目
2、壁虎：壁虎亚目
二、分布情况不同
1、蜥蜴：热带地区。从北极到非洲南部、南美洲和澳大利亚皆有分布。
2、壁虎：壁虎盛产于全世界各温暖地区，主要产于我国西南及长江流域以南诸地区；也分布到日本和朝鲜。能适应由沙漠至丛林的不同栖息地。
三、外形不同
1、蜥蜴：身体多细长，具长尾，多具4肢，除鼻孔、口、眼及泄殖腔开口外，体表覆以鳞片，一对眼睛和一对耳孔。如无外耳孔，则鼓膜位于表面，有些种于头和体鳞下真皮内有骨鳞。鳞的表面覆以一层角蛋白。
2、壁虎：体背腹扁平，身上排列着粒鳞或杂有疣鳞。指、趾端扩展，其下方形成皮肤褶襞，密布腺毛，有粘附能力，可在墙壁、天花板或光滑的平面上迅速爬行。
