尽管它们具有相似的外表与穴居习惯，但土拨鼠和地鼠并没有太多共同之处：它们甚至都不属于同一科。例如，地鼠属于囊鼠科，该科还包括更格卢鼠与囊鼠。
与此同时，土拨鼠则是松鼠科成员，并属于旱獭属。除了生物学分类之外，这两种动物之间还存在许多其他明显的差异。例如，地鼠有无毛的尾巴、凸出的黄色或褐色牙齿、以及用于储存食物的毛皮颊袋，所有这些特征都可将它们与土拨鼠区分开。此外，地鼠的脚通常是粉红色的，而土拨鼠的脚则为褐色或黑色。虽然小地鼠的体重往往约为2磅（约1.8斤）左右，但土拨鼠可以长到13磅（约11.8斤）左右。
尽管这两种啮齿动物都主要以植物为食，但是地鼠更喜欢根茎和块茎，而土拨鼠则喜欢植被与水果。这意味着前者很少会从洞穴内外出，而后者则经常去外面溜达。
土拨鼠之所以会在地下挖洞，主要是为了安全与冬眠，它们白天一般会在地面上四处觅食，如果天气太热或是变糟，它们才会回到洞里。不过，这并不一定意味着地鼠更为隐居，因为土拨鼠会在冬季进行冬眠。与此同时，地鼠在冬季则仍然活跃，它们全年都在破坏草坪。
